ChIP-Seqデータ解析トレーニングワークショップ 


  • スケジュール

    【1日目】3/6(木)
     12:30 受付開始
     13:00 トレーニングワークショップ開始
     13:00-13:30 オリエンテーション
     13:30-15:00 1. Linuxの基本操作 (九工大・藤井聡)
     15:10-16:40 2. ChIP-Seq解析ソフトウェアの利用法 (九工大・飯田緑)
     17:00-18:00 講演会1 転写関連ドライの研究紹介(九工大・矢田哲士先生)
     19:00-21:00 懇親会(のがみプレジデントホテル 3F羽衣)

    【2日目】3/7(金)
     09:00-10:30 3. R/Bioconductorの基礎(九工大・藤井聡)
     10:40-12:10 4. BioconductorでChIP-peakの解析(九工大・飯田緑)
     12:10-13:30 昼休み
     13:30-15:00 講演会2 ChIP-Seqウェットのプロトコルについて(九大・大川恭行先生)
     15:00-16:00 全体を通しての質問
     16:00 終了


  • 内容
    • Linuxの基本操作(資料)
      ・Linuxの最低限の基礎
      ・Linuxのシステムについて
      ・Linuxコマンド(cd, ls, cp, mv等、最低限のコマンド)
      ・ソフトウェアのインストールから実行まで(ソースのコンパイル、パス設定等)
      MACS2等で実践
    • ChIP-Seq解析ソフトウェアの利用法(資料)
      ・GEO(SRA)からダウンロード
       〜(Quarity Check) FastQC等
       〜マッピング bowtie
       〜ピークコール MACS2
    • R/Bioconductorの基礎(資料)
      ・基本操作
      ・パッケージインストール
      ・bed fileをRに読み込ませて、いろいろやってみる
      ・簡単なループや条件分岐
      ・良く使う関数(merge,IRanges等)
    • bioconductorでChIP-peakの解析(資料)
      ・ChIPpeakAnno...近傍の遺伝子をアノテーション
      ・rGADEM,MotIV...de novoモチーフ検索(MEMEと同等)
      data
    • 講習会
      (1)転写関連ドライの研究紹介(九工大・矢田先生)(要旨)
      (2)ChIP-Seqウェットのプロトコルについて(九大・大川先生)(要旨)